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区审计局下设六个职能科室，具体如下：

（一）综合科

协助局领导处理机关日常事务；负责文电、会务、机要、档案、安全保卫、后勤保障等机关日常工作；承担局机构编制、人事管理和外联等工作；承担信访、财务、资产管理等工作；负责审计宣传、审计信息、审计调研、政务公开等工作；负责起草和审核局有关文件、工作计划、总结、报告及内部制度建设；组织协调全局教育培训和专业职称考试等工作；负责退休人员服务工作。

(二)法规与审理科

拟订年度审计计划、审理有关审计业务事项工作；负责机关规范性文件的合法性审核，以及机关行政复议、行政应诉等工作；组织检查审计决定执行情况，督促整改审计查出的问题；开展相关专项审计调查；指导、监督全区内部审计工作，检查内部审计业务质量。

（三）财政审计科

组织审计区本级预算执行和其他财政收支情况，牵头起草审计结果报告、审计工作报告；审计各类财政专项资金，包括社会保障资金（基金）、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金的财务收支；组织实施对国家财经法律、法规、规章、政策和宏观调控措施执行情况、财政预算管理或国有资产管理使用等与区财政收支有关的特定事项进行专项审计调查。

（四）经济责任审计科

负责组织协调和实施区管领导干部及依法属于区审计局审计监督对象的其他单位主要负责人经济责任审计工作；负责全区经济责任审计的指导和法规、政策培训、咨询工作；负责并协调有关经济案件的审计工作；负责全区经济责任审计统计、汇报和台账工作；组织审计财政资金使用绩效；组织审计区政府有关部门的财政收支；开展相关专项审计调查。

（五）固定资产投资审计科

组织实施审计区级财政或国有资金投资和以区级财政或国有资金投资为主的建设项目的预算执行情况及决算；负责实施单项工程结算、项目竣工决算审计；负责对建设项目跟踪审计；负责组织对区政府委托审计项目的审计实施和审计中介机构库的管理、考核。

（六）电子数据审计科

负责“金审工程”建设和管理，承担局机关信息系统规划、建设和管理工作；组织开展审计业务电子数据的采集、验收、整理和综合分析利用；组织对区级有关部门和国有企事业单位网络安全、电子政务工程和信息化项目以及信息系统审计。